Le canton de Sarajevo comptait 26 224 étudiants en 2024/2025, répartis entre sept établissements, dont 21 637 dans le public et 4 587 dans le privé. Les femmes représentaient 16 276 inscrits. La capitale concentre l'essentiel de l'offre universitaire du pays.
L'Université de Sarajevo, fondée en 1949, est l'établissement public de référence. Elle réunit une trentaine d'unités, dont vingt-deux facultés, trois académies artistiques et cinq instituts scientifiques, organisées en six groupes disciplinaires. Elle comptait environ 23 000 étudiants et 1 636 enseignants en 2021. Ses instituts couvrent l'histoire, les études orientales, la langue, le génie génétique et la recherche sur les crimes contre l'humanité. Elle entretient des partenariats avec plus de 120 universités étrangères.
Plusieurs universités privées ont ouvert depuis le début des années 2000. L'International University of Sarajevo, créée en 2004, enseigne en anglais et accueille près de 3 000 étudiants venus de 45 pays. La Sarajevo School of Science and Technology, ouverte la même année, enseigne également en anglais et délivre ses diplômes en partenariat avec l'université britannique de Buckingham. L'International Burch University date de 2008.
L'offre publique couvre le droit, l'économie, la médecine, la pharmacie, la dentisterie, les sciences politiques, la criminologie, l'architecture, le génie civil, mécanique et électrique, l'agriculture, la sylviculture, la médecine vétérinaire, les études islamiques et la théologie catholique, ainsi que les beaux-arts, la musique et les arts du spectacle. Les établissements privés se concentrent sur l'informatique, la gestion, les relations internationales et l'ingénierie.
Les études publiques restent peu coûteuses. Un étudiant admis sur le contingent budgétaire acquitte environ 150 marks convertibles de frais annexes par an. Un étudiant autofinancé paie de l'ordre de 1 200 marks de scolarité annuelle selon la faculté, frais annexes en sus. Le privé se situe à un tout autre niveau. À l'International University of Sarajevo, une licence revient entre 8 300 et 9 400 marks par an pour un candidat de la région, et entre 5 400 et 6 600 euros pour un étudiant international. Des bourses au mérite réduisent ces montants.